Hội chứng loạn sản ngoại bì gây ra sự rối loạn nhiễm sắc thể. Mầm móng của bệnh được tích lũy qua các thế hệ trong gia đình. Tuy nhiên, nó có thể xảy ra ở đứa trẻ đầu tiên trong gia đình. Trong trường hợp này, hội chứng loạn sản ngoại bì được gây ra do sự biến đổi gen xuất hiện khi trứng hoặc tinh trùng được định hình hoặc sau khi thụ tinh.

Khi đứa trẻ không may mắc phải hội chứng này thì đây không phải do lỗi ở bố mẹ. Nó gây ra do sự trục trặc ở một gene đơn lẻ mà không được kiểm soát hoặc ngăn ngừa.